1965年10月29日，一架日本航空公司的班机在台湾松山机场降落。机场上聚集着在台湾的政要和各界名流达1000余人，他们在等待着一个“特别”人物的到来。
飞机落地后，机舱门打开，只见孙科面露笑容走下飞机，频频颔首向欢迎人群致意。这是孙科在去美国十几年之后，重又投入到国民党的怀抱。
在蒋经国的陪同下，孙科一行驱车前往阳明山宾馆。稍事休息后，孙科夫妇及公子孙治平夫妇前往台北市中心的饭店，出席马超俊、梁寒操、郑彦棻等为其举行的洗尘之宴。
当晚的宴会上，孙科对《中央日报》记者发表谈话，说：“这次自美返回，是为参加国父百年诞辰纪念，了解岛内进步情形，并会晤阔别多年的亲友故旧。”
孙科返台，名义上是参加“国父百年诞辰”纪念，但这不过是个借口，实际上他已准备长期落户台湾，但对外似乎不便明说。他希望自己能风光地、体面地受到款待，毕竟他在美国已经孤独了许久，所以心理上不希望在返回台湾时被冷落。
10月30日，孙科由蒋经国、郑彦棻陪同，自台北乘坐专机，飞抵台湾南部晋见蒋介石，并由此拉开了他回台非常之行的序幕。
蒋介石设午宴款待孙科，席间两人都极力回避过去不愉快的往事。他们坐在一起，只是叙叙家常，不时偶露笑声。午后，孙科乘机返回台北。
从这天开始，孙科进入了他人生的又一“高峰”期。一直到12月底，孙科是台岛最为忙碌的人物，出镜的频率甚高，不是参加宴会，就是请他讲演、参观、揭幕、剪彩、接见，他应接不暇。也许是多年的守望，也许是似曾相识的感受，75岁高龄的孙科精神抖擞，一一应对。
孙科没有想到的是，国民党败退台湾，他本人辞去副总统远赴海外十几年后，他又一次成了蒋介石手中的一枚棋子。
时光飞逝，当年的故旧，不少已撒手人寰。上了年纪的人更容易怀旧，孙科当年没能参加逝友的葬礼，如今回台了，不能不去他们的墓上看一看，掬一把土，寄托哀思。孙科相继去了陈诚、于右任的墓前致祭，并到公墓吊唁了许世英、吴忠信、蒋梦麟、朱家骅、洪兰友、俞鸿钧、傅秉常、钱新之等老友。其后，他又参加了居正夫妇灵骨安葬礼，祭拜了哥伦比亚老同学胡适博士。触景生情，孙科颇为伤感，不断叹息着岁月无情，人生苦短。
这时的孙科，就像明星演出一样，马不停蹄地赶场子，忙得不亦乐乎。那一阵，孙科恨不能分身有术，许多单位不得已，只好合在一起恭请他。
1966年11月12日这一天，是孙科返台一系列活动的高潮。上午，他参加了各界举行的“庆祝国父百年诞辰纪念大会”。下午4时，“国立中山博物院”大厦举行落成典礼，孙科主持“国父”铜像揭幕后致辞：“在南京中山陵的国父白大理石像，是1928年聘请法国名雕塑家塑造的，现在这座铜像模型大小一样，稍微低一点，现在大家对国父都有‘高山仰止，景行行止’的感想，个人谨向国人与铸造国父铜像，筹建博物院的有关人士致谢。”
12月16日中午，中国国民党第一次全国代表大会的在台代表李宗黄、张知本、黄季陆等聚餐，欢迎同为代表的孙科。算一算时间，那已是41年前的事了，如今老友重逢，颇为动情，若不是他们命大，恐怕只能在另一个世界相会了。
在近两个月的忙碌之后，孙科总算归于平静，可以安坐在家中。
在蒋介石提名下，孙科接任了“考试院”院长一职。消息传出，反应不一，有人认为以他的学识与资望，未免大材小用;有人觉得他淡出政坛多年，重又回到台湾做官，有点“鬼迷心窍”。孙科对于外界的批评，少加辩白。孙科接“考试院”，按理可入住院长官舍，那是位于“考试院”斜对面一座宽大雅静的平房。可他却将其改为“考试院”图书馆，供属下充作进修场所，自己则与家人仍住在旧房。
孙科晚年，可谓是精神领导“考试院”达7年之久。他只把握政策，至于具体工作，则放手由部属去做。“考试院”在他的领导下，的确做了不少事，行政部门和人事单位主官对他非常尊重，“两院”协调密切，凡事也就迎刃而解。
1973年9月13日下午5时，孙科突发心脏病，在台北荣民总医院结束了他的一生，终年83岁。
