关于“千古一帝”秦始皇的死因众说纷纭，据说他是死于第五次东巡的途中，那么秦始皇到底死于何因？历史上有两种截然不同的说法，一种说法是死于疾病，还有另外一种说法是死于非命，那么事情的真相到底是怎样的呢？
持死于疾病的说法，认为秦始皇早年患有结核性脑膜炎，后来又患了癫痫病，可能是因癫痫发作所致。据历史记载，公元218年，秦始皇在武阳博浪沙东巡时遭人行刺，他身后的一辆副车被刺客用重锤砸得粉碎。事后又发现了刻有“始皇死而地分”的陨石和流出“今年祖龙死”的谣言。秦始皇相当迷信，他惊恐万分，为了消灾避难，寻找长生不老药，秦始皇听从了一名卜卦者的建议，进行了第五次东巡。
但这次东巡并没有使他消灭灾难和获得长生不老药，反而使他由于舟车劳顿和过度紧张引发了癫痫病。发作时，他的头部由于撞到车内的青铜冰鉴而大受创伤，导致结核性脑膜炎复发，经御医抢救无效死亡。这种说法也不是没有可能，因为当时医疗条件确实有限，加之当时御医的医术也没有那么高超。
持另外一种说法的是以著名的史学家郭沫若为代表，认为虽然秦始皇在东巡途中突发癫痫病引发结核性脑膜炎，但这并不能在几天之内就要了秦始皇的命，而是可以维持两到三周的时间，这段时间足以让秦始皇回到咸阳继续接受治疗。郭沫若认为，秦始皇是被他的小儿子胡亥害死的。
郭沫若分析，当时秦始皇虽然病重但不至于病危，意识还是很清楚的。为稳定秦王朝，亲笔写下了传位长子扶苏的木简遗诏，并让赵高派人送给远在上郡的扶苏公子。而赵高却野心勃勃，意图通过胡亥把控朝野，于是密谋李斯意欲篡改遗诏，传位于胡亥，并将遗诏改为“赐死扶苏、蒙恬”，但当时他们害怕秦始皇再次醒来，所以没敢立即将篡改的遗诏送出去。
可当他们第二天看秦始皇时，却发现秦始皇已经死去多时。郭沫若认为，这是胡亥避免夜长梦多，担心赵高和李斯动摇而下的毒手，很可能是将一根长达三寸的铁钉从秦始皇的右耳钉人脑颅，最终致其死亡。这件事就连赵高和李斯事先都不知道，原来胡亥才是隐藏的最终黑手。
对于这两种截然不同的说法，至今也尚无定论。不过人们对解开这个谜底有信心，秦皇陵没有受到破坏，秦始皇的遗体也还在，而且墓中大量的水银对遗体有防腐的作用，待秦始皇的陵墓挖掘之时，秦始皇的死亡之谜自然就会解开了。
